وظایف عملیاتی سازمان پدافند غیرعامل کشور شامل موارد زیر می گردد:
1- سازماندهی، طرح ریزی، هدایت و راهبری، عملیات پدافندی، مقابله با تهدیدات نوین دشمن
2- هدایت و راهبری مقابله با تهدیدات نوین(سایبری، زیستی، پرتوی، شیمیایی، اقتصادی) با تشکیل و سازماندهی قرارگاه های پدافند غیرعامل در موضوعات مرتبط با تهدید.
3- هدایت و راهبری و مدیریت وکنترل سامانه های مرتبط با پدافند غیرعامل کشور در برابر تعدیدات نوین
4- ارتقاء آمادگی دستگاه های اجرایی برای تداوم چرخه تولید و خدمات در مقابله با انواع تهدیدات
5- بکارگیری ظرفیت ها و منابع کشور در حوزه های مختلف برای انجام تمهیدات لازم پدافند غیرعامل
6-فرهنگ سازی و آماده سازی دستگاه های اجرایی و استان های کشور برای کمک و اداره و هدایت مردم در شرایط بحرانی